6月2日から翌3日にかけての線状降水帯に伴なう大雨は、JR東海飯田線、南海電気鉄道（南海）高野線、土佐くろしお鉄道中村線に大きな爪痕を残している。
飯田線では当初、豊川〜天竜峡間で運行を見合わせていたが、豊川〜新城間は6月4日に再開。平岡〜天竜峡間は6月5日に再開しているが、同区間を含む平岡〜辰野間では一部列車で運休が発生している。
残る、新城〜平岡間については、三河東郷駅（愛知県新城市）と平岡駅（長野県天龍村）で土砂流入、本長篠駅（愛知県新城市）で線路設備の一部変状が発生していることから再開の目途が立っておらず、特急『伊那路』は6月6日まで全区間が運休。6月7日以降の運行は決まり次第発表される。
南海高野線では、高野下〜極楽橋間で線路点検のため運行を見合わせており、特急『こうや』は全列車が運休。橋本〜高野山間でバスによる代行輸送が行なわれている。
土佐くろしお鉄道中村線（窪川〜中村）では、脱線事故の影響で6月5日も中村線が終日運休となっており、JR四国からの特急乗入れも中止。6月7日まで運休する予定としており、再開までバスによる代行輸送が行なわれる。
