台風2号の接近に伴ない、西日本から東日本にかけて線状降水帯が発生している影響で、鉄道の運行見合せが相次いでいる（情報は18時10分時点で確認したもの）。
東海道新幹線では17時49分現在、熱海〜三河安城間で雨量が規制値に達したため全線で運行を見合わせている。
JR東海では「このまま強い雨が降り続きますと、天候回復後も運転再開までには時間を要するため、本日中の運転再開ができなくなる可能性があります。また、運転見合わせの他、運休や急遽の行き先変更が発生します」として注意を呼びかけている。
JR東日本を含む首都圏各線も影響が出始めており、各鉄道事業者では6月3日始発から運休する可能性があるとアナウンスしている。
JR東日本では6月2日発の寝台特急『サンライズ瀬戸・出雲』の運休を決定。吾妻線・長野原草津口〜大前間、烏山線（宝積寺〜烏山）、中央本線・小淵沢〜塩尻間、青梅線・青梅〜奥多摩間、小海線・中込〜小淵沢間などで運行を見合わせている。
関西ではJR西日本の近畿圏で終日運休が相次いでいるが、6月3日については阪和線・天王寺〜和歌山間、阪和線（羽衣線）・鳳〜東羽衣間、関西空港線・日根野〜関西空港間、和歌山線・王寺〜和歌山間、桜井線（万葉まほろば線）・奈良〜高田間、関西本線・加茂〜亀山間、草津線・柘植〜草津間で始発から昼頃までの運休を予定している。
四国では、土佐くろしお鉄道宿毛（すくも）線の土佐白浜〜有井川間で9時前に土砂流入が発生。上り列車が乗り上げて脱線した影響で、中村線、宿毛線ともに運行を見合わせている。このうち中村線は復旧作業に時間を要するとして当面の間運休に。宿毛線は線路点検後に再開するとしているが、激しい降雨が続いていることから、状況確認中としている。
一方、JR四国では、予土線・若井（窪川）〜近永間、予讃線・伊予市〜伊予大洲間（海回り）、牟岐線・阿南〜阿波海南間の終日運休が決定している。
